В Письме Минфина РФ от 17.01.2011 N 03-07-08/11 рассматривается вопрос налогообложения НДС перевозок.
С 1 января 2011 г. транспортно-экспедиционные услуги, предусмотренные пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ, оказываемые российской организацией на основании договора транспортной экспедиции при организации перевозки товаров между пунктом отправления, расположенным на территории иностранного государства, и пунктом назначения, расположенным на территории Российской Федерации, подлежат налогообложению налогом на добавленную стоимость по нулевой ставке при условии представления в налоговые органы документов, предусмотренных п. 3.1 ст. 165 НК РФ. В случае оказания таких услуг между двумя пунктами, расположенными на территории Российской Федерации, их налогообложение осуществляется по ставке 18 процентов на основании п. 3 ст. 164 НК РФ.

До 1 января 2011 г. согласно пп. 2 п. 1 ст. 164 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) налогом на добавленную стоимость по ставке в размере 0 процентов облагались услуги по организации и сопровождению перевозок, перевозке или транспортировке, организации, сопровождению, погрузке и перегрузке товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации, оказываемые российскими налогоплательщиками. При этом для обоснования права на применение нулевой ставки налога на добавленную стоимость в отношении указанных услуг налогоплательщики представляли в налоговые органы документы, предусмотренные п. 4 ст. 165 Кодекса.
С 1 января 2011 г. в соответствии с пп. 2.1 п. 1 ст. 164 Кодекса в редакции Федерального закона от 27.11.2010 N 309-ФЗ »О внесении изменений в главу 21 части второй Налогового кодекса Российской Федерации» нулевая ставка налога на добавленную стоимость применяется в отношении транспортно- экспедиционных услуг, перечень которых установлен данным подпунктом , оказываемых на основании договора транспортной экспедиции при организации международной перевозки.

Правомерность применения нулевой ставки налога в отношении указанных услуг подтверждается документами, установленными п. 3.1 ст. 165 Кодекса.