Поскольку налоговыми агентами выступают работодатели, то чаще всего возникает спор о неуплате НДФЛ в связи с выплатами «серой» или «черной» заработной платы. Успех налоговой службы зависит от наличия доказательств. В постановлении ФАС Волго-Вятского округа от 26.08.2010 по делу N А11-15006/2009 суд встал на сторону налогоплательщика. Заявление о признании недействительным решения налогового органа о доначислении налога на доходы физических лиц и единого социального налога удовлетворено правомерно, так как уполномоченный орган не доказал факт выплаты налогоплательщиком работникам заработной платы по неучтенным документам, а также не доказал ее размер.

1. Также споры могут возникнуть, если компания выступает в качестве налогового агента по НДС. Однако если помещение предоставлено в безвозмездное пользование, то компания не будет и налоговым агентом. Так, в постановлении ФАС Поволжского округа от 23.06.2011 по делу N А12-17816/2010 суд отменил решение налогового органа о начислении пени и штрафа по п. 1 ст. 123 НК РФ, поскольку заключенные предпринимателем договоры безвозмездного пользования муниципальным имуществом не являются арендными, предприниматель не уплачивала арендную плату, у нее отсутствуют обязательства по исчислению и уплате налога в бюджет. Требование о взыскании судебных расходов удовлетворено исходя из принципа их разумности и сохранения баланса интересов сторон.
2. Выступая в качестве налогового агента, компания использует различные ставки налога. Например, по НДФЛ общая ставка для резидентов — 13%, для нерезидентов — 30%, по дивидендам — 9%. Соответственно в судебном порядке может рассматриваться правомерность применения той или иной ставки. В Постановлении ФАС Северо-Кавказского округа от 26.07.2011 по делу N А20-3395/2010 суд указал, что общество произвело выплату дивидендов из чистой прибыли и правомерно применило ставку 9 процентов при исчислении НДФЛ. Требование об уплате начисленных оспариваемым решением сумм выдано во исполнение недействительного решения налогового органа и является недействительным.