Если зарплата выплачивается работнику не реже чем два раза в месяц, то налоговый агент в сроки, установленные п. 6 ст. 226 НК РФ, исчисляет, удерживает и перечисляет в бюджет НДФЛ один раз в месяц при расчете дохода работника по итогам каждого месяца (Письмо Минфина России от 18.04.2013 N 03-04-06/13294).

Согласно ст. 136 Трудового кодекса Российской Федерации заработная плата выплачивается не реже чем каждые полмесяца в день, установленный правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором, трудовым договором.

Пунктом 2 ст. 223 Кодекса установлено, что при получении дохода в виде оплаты труда датой фактического получения налогоплательщиком такого дохода признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом).

Налоговые агенты, согласно п. 4 ст. 226 Кодекса, обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

В соответствии с п. 6 ст. 226 Кодекса налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня фактического получения в банке наличных денежных средств на выплату дохода, а также дня перечисления дохода со счетов налоговых агентов в банке на счета налогоплательщика либо по его поручению на счета третьих лиц в банках.

Таким образом, налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет налога на доходы физических лиц с заработной платы один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход, в сроки, установленные п. 6 ст. 226 Кодекса.

Зарплата условно делится на аванс и получку. Так вот, в момент выплаты авансов НДФЛ не удерживается. Налог нужно исчислить и уплатить в бюджет сразу после выплаты получки (окончательного расчета с работником за прошедший месяц).