В письме от 30 мая 2017 г. N 03-07-09/33048 установлено, что одновременно электронный и бумажный счет-фактуры не предусмотрены

На основании пункта 6 статьи 169 Кодекса счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации. Счет-фактура, составленный в электронной форме, подписывается усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя организации либо иных лиц, уполномоченных на это приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации, индивидуального предпринимателя в соответствии с законодательством Российской Федерации.
В соответствии с пунктом 6 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2011 г. N 1137 (далее — Правила), первый экземпляр счета-фактуры, составленного на бумажном носителе, выставляется покупателю, второй экземпляр остается у продавца.
Таким образом, в случае составления и выставления покупателю счетов-фактур на бумажном носителе хранение вторых экземпляров таких счетов-фактур в виде электронного образца, подписанного усиленной квалифицированной электронной подписью руководителя организации, Кодексом и Правилами не предусмотрено.