Согласно п. 1 ст. 333.16 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) государственная пошлина является сбором, взимаемым с организаций и физических лиц при их обращении в государственные органы за совершением в отношении этих лиц юридически значимых действий, предусмотренных гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ.

В целях гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ выдача документов (их дубликатов) приравнивается к юридически значимым действиям.

Согласно пп. 6 п. 1 ст. 333.18 гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ при обращении за совершением юридически значимых действий, за исключением юридически значимых действий, указанных в пп. 1 — 5.1 п. 1 ст. 333.18 НК РФ, государственная пошлина уплачивается до подачи заявлений и (или) документов на совершение таких действий либо до подачи соответствующих документов.

Порядок возврата и зачета уплаченной суммы государственной пошлины за совершение юридически значимых действий определен ст. 333.40 НК РФ.

Пунктом 1 ст. 333.40 установлен исчерпывающий перечень, в соответствии с которым уплаченная государственная пошлина за совершение юридически значимых действий, предусмотренных гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ, подлежит возврату.

На основании пп. 1 п. 1 ст. 333.40 НК РФ уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ.

В соответствии с пп. 4 п. 1 ст. 333.40 НК РФ государственная пошлина подлежит возврату в случае отказа лиц, уплативших государственную пошлину, от совершения юридически значимого действия до обращения в уполномоченный орган (к должностному лицу), совершающий (совершающему) данное юридически значимое действие.

Согласно п. 6 ст. 333.40 НК РФ плательщик государственной пошлины имеет право на зачет излишне уплаченной (взысканной) суммы государственной пошлины в счет суммы государственной пошлины, подлежащей уплате за совершение аналогичного действия.

Таким образом, в случае если организация обратилась в уполномоченный орган с заявлением за совершением юридически значимого действия в отношении нее и (или) за выдачей документов и уполномоченным органом было принято обоснованное решение об отказе в совершении вышеуказанных действий, то уплаченная сумма государственной пошлины, на основании пп. 4 п. 1 ст. 333.40 НК РФ, возврату не подлежит.

Учитывая это, зачет может быть произведен только в отношении суммы государственной пошлины, уплаченной в размере, превышающем размер государственной пошлины, установленный гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ.