Порядок защиты прав налогоплательщиков (плательщиков сборов) не определен единым нормативным актом, но складывается из положений различных нормативных документов. В первую очередь кроме Налогового кодекса РФ имеются в виду АПК РФ, ГПК РФ, УК и КоАП РФ. Соответственно, существует не один, а несколько способов защиты.

Досудебная стадия налогового спора включает в себя период от момента получения акта налоговой проверки с выявленными нарушениями до вынесения решения вышестоящего налогового органа в ответ на апелляционную жалобу.

Получая акт проверки на руки, сотрудник компании расписывается на его последней странице и указывает дату. С этой даты считаются 15 рабочих дней на подготовку и представление возражений в налоговый орган.

К акту проверки должны быть приложены материалы проверки, такие как копии протоколов допросов, протоколов осмотров помещений и т.п.

Помните: налоговый орган может послать акт проверки по почте только, если налогоплательщик уклоняется от его получения на руки (не явился за актом по извещению налогового органа).

Помните: даже если 15 рабочих дней истекли, налогоплательщик все равно может представлять дополнительные возражения и доказательства. Вплоть до того, что он может взять с собой такие документы на заседание комиссии по рассмотрению материалов проверки. Налоговый орган обязан их принять.

Чтобы рассмотрение материалов налоговой проверки не было формальностью:
Помните: налоговый орган обязан вызвать вас на рассмотрение материалов проверки. По почте, вручив на руки уведомление, каким угодно способом (который можно потом доказать).
Для участия в заседании комиссии необходимо оформить доверенность на всех представителей компании, кроме генерального директора. Главному бухгалтеру (даже если его в инспекции все знают в лицо), тоже нужна доверенность.

Детально подготовьте возражения.

Если ошибка заключается в неправильном оформлении каких-то документов, то можно сослаться на несущественность ошибки. Также следует учитывать, что в ряде случаев неправильный учет не влияет на задолженность перед бюджетом.
Сильным доводом, который, кстати, применим в любом случае, может послужить то, что недоимка по одному налогу означает переплату по другому.
Классический пример — нарушение в учете основных средств приводит к разным результатам по налогу на прибыль и налогу на имущество. В нашей практике был случай, когда только этого было достаточно для снятия претензии.
Помните: если организация не выполнила обязанности налогового агента (не удержала налог), с нее могут взыскать только санкции и пени, но никак не сумму самого налога.
Существует две основные ошибки, которые допускают налоговики: привлечение к ответственности без установления факта вины (классический пример — отношения с контрагентами-однодневками) или пропуск трехлетнего срока для начисления штрафа.
Эти моменты обязательно должны быть проанализированы и учтены при подготовке возражений.
Нам осталось только правильно построить наши возражения, которые выглядят так:
— вводные реквизиты (куда подается, кто подает (наименование, ИНН/КПП, адрес, контактное лицо с телефоном и т.п.)), название документа (возражения на акт налоговой проверки, номер, дата акта), краткое введение (сроки проверки, проверяемый период и т.д.);
— если эпизодов много и возражения получились объемными (более 7 — 8 страниц), мы рекомендуем сделать оглавление;
— в первой части следует в общих словах указать налоги, по которым имеются претензии, суммы доначислений и доводы, которые используют проверяющие;
— вторая часть будет содержать в себе контрдоводы налогоплательщика. Эти контрдоводы лучше всего разбить по отдельным пунктам акта проверки с соответствующими подзаголовками. В каждом таком эпизоде в двух словах изложить позицию проверяющих.

На заседании комиссии излагайте свои доводы по порядку — по эпизодам возражений.
Начиная изложение доводов по очередному эпизоду, обратите внимание на самые существенные моменты: этот вопрос давно разрешен в судебной практике, проверяющие искажают данные налогового учета и т.д. Тем самым вы задаете настроение.
Далее изложите свою позицию, не перечитывая текст возражений, но достаточно полно и логично. К такому изложению надо подготовиться заранее.

Если налоговый орган примет решение не в пользу налогоплательщика, то необходимо его обжаловать.

До момента вступления Решения в законную силу необходимо подать апелляционную жалобу в выше стоящий орган, срок — в течение 10 дней с момента вручения решения. Решение налогового органа (должностного лица) по жалобе принимается в течение одного месяца со дня ее получения. Указанный срок может быть продлен руководителем (заместителем руководителя) налогового органа для получения документов (информации), необходимых для рассмотрения жалобы, у нижестоящих налоговых органов, но не более чем на 15 дней. О принятом решении в течение трех дней со дня его принятия сообщается в письменной форме лицу, подавшему жалобу.
Подача заявления в суд:
Заявления о признании ненормативных правовых актов недействительными, решений и действий (бездействия) незаконными рассматриваются в арбитражном суде, если их рассмотрение в соответствии с федеральным законом не отнесено к компетенции других судов.
Заявление может быть подано в арбитражный суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации стало известно о нарушении их прав и законных интересов, если иное не установлено федеральным законом. Пропущенный по уважительной причине срок подачи заявления может быть восстановлен судом.

Отметим, что, несмотря на значительное количество отрицательных судебных решений, в ряде случаев организациям все же удается выигрывать судебные споры у налоговых органов.
Так, по одному из арбитражных споров суд признал, что налогоплательщик правомерно уменьшил налогооблагаемую прибыль на сумму амортизационных отчислений (Постановление ФАС Уральского округа от 15 ноября 2004 г. по делу N Ф09-4819/04-АК). ФАС не согласился с позицией налогового органа. Во-первых суд исходил из того, что, законодатель не определил четких критериев отнесения затрат к расходам, связанным с производством и реализацией. То обстоятельство, что спорные объекты непосредственно в производстве и реализации продукции не участвовали, а использовались предприятием в хозяйственной деятельности, еще не дает оснований полагать, что амортизационные начисления по ним не могут быть отнесены к расходам, связанным с производством и реализацией. Тем более что для обеспечения нормальной производственной деятельности налогоплательщика использовать эти объекты необходимо. Соответственно расходы на их амортизацию являются экономически оправданными.

(Батанов Е. Как разрешить налоговый спор? // Консультант. 2012. N 7. С. 46 — 50).