При повторном изменении стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) продавец выставляет новый корректировочный счет-фактуру, в который вносятся данные предыдущего. Регистрация такого нового счета-фактуры в книге покупок и продаж осуществляется по общему правилуь (Письмо Минфина России от 05.09.2012 N 03-07-09/127).

В соответствии с п. 3 ст. 168 и п. 10 ст. 172 Налогового кодекса Российской Федерации корректировочный счет-фактура выставляется покупателю при изменении стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), в том числе в случае изменения цены (тарифа) и (или) уточнения количества (объема) отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг), при наличии договора, соглашения, иного первичного документа, подтверждающего согласие (факт уведомления) покупателя на такое изменение.
В связи с этим при повторном изменении стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг) продавцом выставляется новый корректировочный счет-фактура, в который переносятся соответствующие данные из предыдущего корректировочного счета-фактуры.
Регистрация нового корректировочного счета-фактуры в книге покупок и книге продаж осуществляется в общеустановленном порядке.