Обязанность налоговых агентов представлять расчет по форме 6-НДФЛ в налоговый орган по месту своего учета корреспондирует с обязанностью налоговых агентов уплачивать совокупную сумму налога, исчисленную и удержанную налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником выплаты дохода, в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. При этом налоговые агенты — российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

В соответствии с пунктом 2 статьи 230 Кодекса налоговые агенты представляют в налоговый орган по месту своего учета расчет по форме 6-НДФЛ за первый квартал, полугодие, девять месяцев — не позднее последнего дня месяца, следующего за соответствующим периодом, за год — не позднее 1 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом.

Налоговые агенты — российские организации, имеющие обособленные подразделения, представляют расчет по форме 6-НДФЛ в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета таких обособленных подразделений, а также в отношении физических лиц, получивших доходы по договорам гражданско-правового характера, в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений, заключивших такие договоры.

Налоговые агенты — организации, отнесенные к категории крупнейших налогоплательщиков, имеющие обособленные подразделения, заполняют расчет по форме 6-НДФЛ отдельно по каждому обособленному подразделению и представляют его, в том числе в отношении работников этих обособленных подразделений, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика, либо в отношении работников этих обособленных подразделений в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению.