Налоговый кодекс РФ не ограничивает проведение зачета налогов между федеральным, региональными и местными бюджетами.
ПриказМинфина России от 05.09.2008 N 92н «Об утверждении Порядка учета Федеральным казначейством поступлений в бюджетную систему Российской Федерации и их распределения между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации» предусматривает проведение межрегионального зачета, то есть зачета, производимого налоговыми органами, находящимися на территориях различных субъектов Российской Федерации.
Вывод следует из письма Минфина от 26 апреля 2011 г. N 03-02-07/1-141