Согласно статье 78 НК РФ сумма излишне уплаченного налога подлежит зачету в счет предстоящих платежей налогоплательщика по этому или иным налогам, погашения недоимки по иным налогам, задолженности по пеням и штрафам за налоговые правонарушения либо возврату налогоплательщику в порядке, предусмотренном настоящей статьей.
Зачет сумм излишне уплаченных федеральных налогов и сборов, региональных и местных налогов производится по соответствующим видам налогов и сборов, а также по пеням, начисленным по соответствующим налогам и сборам.

Однако на практике не все так просто.

Часто налогоплательщикам приходится обращаться в суд.

Так, важно обратить внимание на определение Верховного Суда РФ от 03.09.2015 по делу N 306-КГ15-6527, А72-6526/2014. Суд установил, что поскольку определение окончательного финансового результата и размера налоговой обязанности по налогу на прибыль производится налогоплательщиками в налоговой декларации, представляемой по итогам налогового периода не позднее 28 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом (п. 4 ст. 289 НК РФ), юридические основания для возврата излишне уплаченного налога на прибыль наступают с даты представления налоговой декларации за соответствующий год, но не позднее срока, установленного для ее представления в налоговый орган. С этого же момента, а не с даты внесения последнего авансового платежа за соответствующий год необходимо и исчислять трехлетний пресекательный срок для обращения в суд с требованием о возврате излишне уплаченного налога.

А вот возврат при ликвидации юридического лица не предусмотрен.

Такой вывод сделан в Определении Конституционного Суда РФ от 23.06.2015 N 1233-О. Физическое лицо оспаривало конституционность п. п. 1, 2 и 14 ст. 78 НК РФ, п. 2 ст. 63 ГК РФ, п. 1 ст. 58 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью», на основании которых физическому лицу — бывшему участнику ликвидированного общества с ограниченной ответственностью было отказано в возврате сумм излишне уплаченных обществом налогов, поскольку переплата по налогам была выявлена данным физическим лицом как ликвидатором организации в процессе ликвидации, а заявление о возврате сумм излишне уплаченных налогов подано им от своего имени уже после завершения процесса ликвидации. Отказывая в принятии жалобы к рассмотрению, КС РФ указал, что право участника ликвидированной организации на обращение с заявлением о возврате сумм налога, уплаченного такой организацией, налоговым законодательством не предусмотрено. Вместе с тем такой порядок не ограничивает право ликвидируемой организации обратиться с заявлением о возврате излишне уплаченного налога до ее ликвидации и, следовательно, не может рассматриваться как нарушающий конституционные права налогоплательщиков.

Но чаще всего налоговый орган встает на сторону налогоплательщика.

Примером является определение Арбитражного суда Московского округа от 13.08.2015 N Ф05-10956/2015 по делу N А40-172874/14
Налогоплательщик обратился в суд с требованием об обязании ИФНС возвратить из бюджета излишне уплаченную сумму налога на прибыль с начислением процентов.
Как указал суд, признавая требования налогоплательщика правомерными, для возврата переплаты по налогу на прибыль трехлетний срок, предусмотренный п. 7 ст. 78 НК РФ, исчисляется со дня представления налоговой декларации за налоговый период или истечения срока, установленного для ее представления, смотря что наступит ранее. Переплата по налогу на прибыль, образовавшаяся по итогам 2008 года, была полностью израсходована во исполнение обязательств общества по уплате налога на прибыль к апрелю 2011 года. Полученный по итогам налогового периода 2011 года убыток, в связи с уплатой в течение 2011 г. авансовых платежей по налогу на прибыль, привел к возникновению новой переплаты. Поэтому моментом возникновения переплаты является 27.01.2012, то есть дата подачи первичной налоговой декларации по налогу на прибыль за 2011 год. В связи с этим ИФНС была обязана возвратить обществу излишне уплаченную сумму налога не позднее 02.09.2013, так как первоначальное обращение его о возврате переплаты было совершено 01.08.2013. Следовательно, трехлетний срок подачи заявления не был пропущен налогоплательщиком.