В Письме Минфина России от 09.04.2012 N 03-11-06/2/54 ведомство отмечает, что унитарные предприятия вправе применять УСН.

В соответствии с пп. 14 п. 3 ст. 346.12 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25 процентов.
Согласно ст. 11 Кодекса под российской организацией понимается юридическое лицо, образованное в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Пунктом 1 ст. 8 Федерального закона от 14.11.2002 N 161-ФЗ «О государственных и муниципальных унитарных предприятиях» установлено, что учредителем муниципального унитарного предприятия является муниципальное образование.
Согласно п. 1 ст. 66 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — ГК РФ) к организациям с разделенным на доли (вклады) учредителей (участников) уставным (складочным) капиталом относятся хозяйственные товарищества и общества.
В соответствии с п. 1 ст. 113 ГК РФ имущество муниципального унитарного предприятия является неделимым и поэтому не может быть распределено по вкладам (долям, паям). Аналогичная норма содержится в ст. 2 Федерального закона от 14.11.2002 N 161-ФЗ.
Поскольку муниципальное образование, являющееся учредителем муниципального унитарного предприятия, не может быть признано организацией в целях ст. 11 Кодекса, а также в связи с тем, что имущество муниципального унитарного предприятия не распределяется по вкладам (долям, паям), на указанные предприятия положения пп. 14 п. 3 ст. 346.12 Кодекса не распространяются.
В связи с этим муниципальные унитарные предприятия могут применять упрощенную систему налогообложения при условии соблюдения требований гл. 26.2 Кодекса.