Порядок возврата или зачета государственной пошлины, уплаченной за совершение юридически значимых действий, в том числе и за предоставление лицензии, определен ст. 333.40 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ).

Согласно ст. 333.40 НК РФ возврат или зачет государственной пошлины, уплаченной за предоставление лицензии, в случае отказа уполномоченного органа в ее предоставлении не предусмотрен.

Одновременно Минфин сообщает, что в связи с внесением изменений в гл. 25.3 «Государственная пошлина» НК РФ Федеральным законом от 27.12.2009 N 374-ФЗ «О внесении изменений в статью 45 части первой и в главу 25.3 части второй Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации, а также о признании утратившим силу Федерального закона «О сборах за выдачу лицензий на осуществление видов деятельности, связанных с производством и оборотом этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции» (вступил в силу 29 января 2010 г.) уплата государственной пошлины за рассмотрение заявления о предоставлении лицензии не предусмотрена.

Данный вывод сделан в письме Минфина от 19 августа 2010 г. N 03-05-06-03/97.