Предприниматель, заключивший с физлицом договор аренды, признается налоговым агентом по НДФЛ в отношении выплачиваемой физлицу арендной платы. Данный вывод сделан в Письме Минфина России от 20.07.2012 N 03-04-05/3-889.

Согласно п. п. 1 и 2 ст. 226 Кодекса индивидуальные предприниматели, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1, 214.3, 214.4, 214.5, 227, 227.1 и 228 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные индивидуальные предприниматели являются налоговыми агентами.
Исходя из изложенного индивидуальный предприниматель, выплачивающий арендную плату физическому лицу за арендуемое у него помещение, признается налоговым агентом в отношении таких доходов физического лица и, соответственно, должен исполнять обязанности по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц в порядке, предусмотренном ст. 226 НК РФ, а также по представлению в налоговый орган по месту своего учета в соответствии с п. 2 ст. 230 НК РФ сведений о доходах физического лица и суммах начисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему Российской Федерации налогов.