Компания, которая потеряла право на применение «упрощенки», обязана уплатить НДС в бюджет с суммы реализации с момента потери права.

Сумму этого налога можно учесть в составе налоговых расходов (определение
ВАС РФ от 15.04.10 № ВАС-4125/10). Это позволит компании сэкономить порядка 20 процентов (уменьшение налога на
прибыль) от уплаченной в бюджет суммы, сверх возможности получить вычет по входному НДС (п. 6 ст. 346.25 НК РФ).
Несмотря на то что налоговики выступают против этого (к примеру, письмо УФНС по г. Москве от 29.04.05 № 20-
12/31025.3), на сторону налогоплательщиков встал ВАС РФ, который указал, что Налоговый кодекс позволяет учесть в
расходах те налоги, которые не были предъявлены покупателю (п. 1 ст. 264 и п. 19 ст. 270 НК РФ). А НДС,
уплаченный в бюджет в связи с потерей права на применение спецрежима, как раз и не предъявляется покупателям.
Кроме того, против предъявления налога покупателям в этой ситуации выступают и сами налоговики. Так, в соответствии с
письмом ФНС России от 08.02.07 № ММ-6-03/95@ организация, потерявшая право на применение «упрощенки»,
не вправе выставить счет-фактуру задним числом своему контрагенту.