При применении ЕНВД, налогоплательщик перечисляет НДФЛ за своих работников по месту регистрации в качестве ИП или юридического лица (Письмо Минфина России от 04.10.2012 N 03-04-05/8-1145).

В соответствии с п. 1 ст. 226 Кодекса индивидуальные предприниматели, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, указанные в п. 2 названной статьи Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные индивидуальные предприниматели являются налоговыми агентами.
Согласно п. 7 ст. 226 Кодекса совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается по месту учета налогового агента в налоговом органе.
Индивидуальный предприниматель, осуществляющий деятельность с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, признается налоговым агентом в отношении доходов, выплачиваемых физическим лицам. В связи с этим на такого индивидуального предпринимателя возлагается обязанность по исчислению, удержанию и перечислению в бюджет налога на доходы физических лиц при выплате им дохода.

В случае когда индивидуальный предприниматель состоит на учете в разных налоговых органах как по месту жительства, так по месту осуществления деятельности с применением системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности, налог на доходы физических лиц с доходов, выплачиваемых физическим лицам, в отношении которой применяется единый налог, следует перечислять в бюджет по месту учета индивидуального предпринимателя в связи с осуществлением такой деятельности.

Отметим, что ранее ведомство придерживалось другого мнения.

Как разъяснил Минфин России, если индивидуальный предприниматель осуществляет только облагаемую ЕНВД деятельность, экономическая выгода в виде имущества, которое получено в безвозмездное пользование, НДФЛ не облагается (Письмо от 28.01.2009 N 03-11-09/22).
Данная точка зрения основана на п. 4 ст. 346.26 НК РФ, который предусматривает освобождение предпринимателей от уплаты НДФЛ в отношении доходов, полученных от «вмененной» деятельности.
В Письме от 05.10.2009 N 03-04-05-01/723 Минфин России высказал свое мнение в отношении индивидуального предпринимателя, который осуществляет розничную торговлю и применяет по этому виду деятельности режим ЕНВД.
Чиновники разъяснили, что доходы, полученные в связи с заключением договора безвозмездного пользования, к розничной торговле не относятся и не облагаются ЕНВД. Кроме того, указанный доход также не подлежит обложению и НДФЛ, поскольку гл. 23 НК РФ не содержит каких-либо норм, позволяющих отнести безвозмездное пользование имуществом к доходам физического лица.
Таким образом, при безвозмездном пользовании имуществом индивидуальный предприниматель, который применяет режим ЕНВД, не должен дополнительно уплачивать НДФЛ.