В письме Минфина России от 08.08.2016 N 03-03-06/3/46373 указано, что расходы на ЕГАИС можно учесть в расходах

В соответствии с пунктом 1 статьи 252 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) при исчислении налога на прибыль организаций налогоплательщик уменьшает полученные доходы на сумму произведенных расходов (за исключением расходов, указанных в статье 270 НК РФ). При этом расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты (а в случаях, предусмотренных статьей 265 НК РФ, убытки), осуществленные (понесенные) налогоплательщиком для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.
Таким образом, действующие нормы главы 25 НК РФ позволяют учитывать расходы, связанные с внедрением единой государственной автоматизированной информационной системы (далее — ЕГАИС), при налогообложении прибыли в общеустановленном порядке.
В части предложения по предоставлению вычета стоимости указанного оборудования из суммы налога на прибыль организаций сообщаем, что данное предложение фактически означает финансирование налогоплательщика за счет бюджета и приведет к выпадающим доходам бюджетной системы Российской Федерации и прежде всего бюджетов субъектов Российской Федерации.