Согласно письму Минфина РФ от 09.12.2010 № 03-04-06/3-295 организация, имеющая филиалы, может перечислять НДФЛ по месту нахождения организации или филиала.

Если организация, имеющая несколько обособленных подразделений в городе федерального значения Москве, на территориях, подведомственных разным налоговым органам, поставлена на учет в соответствии с п. 4 ст. 83 Кодекса по месту нахождения одного из таких обособленных подразделений, определенного организацией, то налог на доходы физических лиц, исчисленный и удержанный с доходов работников всех обособленных подразделений, находящихся в городе федерального значения Москве, должен быть перечислен в бюджет по месту учета такого обособленного подразделения.

В случае, если организация встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, суммы налога на доходы физических лиц, исчисленного и удержанного с доходов работников таких обособленных подразделений, должны быть перечислены в бюджет по месту учета каждого такого обособленного подразделения, исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.

Пунктом 2 ст. 230 Кодекса установлено, что налоговые агенты представляют сведения о доходах физических лиц в налоговый орган по месту своего учета.