Филиал должен ввыставлять счета-фактуры с дополнительным индексом.

Если компания продает товары, через обособленное подразделение, то необходимо соблюдать особый порядок нумерации документов. А именно: порядковый номер счета-фактуры через разделительную черту должен быть дополнен цифровым индексом филиала (пп. «а» п. 1 разд. II Правил заполнения счета-фактуры, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Об этом напомнили специалисты Минфина России в письме от 27.03.2012 г. № 03-07-09/30.

На основании пп. «а» п. 1 разд. II Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных Постановлением Правительства Российской Федерации от 26.12.2011 N 1137 «О формах и правилах заполнения (ведения) документов, применяемых при расчетах по налогу на добавленную стоимость», в случае если организация реализует товары (работы, услуги), имущественные права через обособленные подразделения, в том числе филиалы, при составлении такими обособленными подразделениями счетов-фактур порядковый номер счета-фактуры через разделительную черту дополняется цифровым индексом обособленного подразделения, установленным организацией в приказе об учетной политике для целей налогообложения (Письмо Минфина России от 27.03.2012 г. № 03-07-09/30).