В соответствии с п. 2 ст. 24 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» (далее — Закон N 14-ФЗ) в течение одного года со дня перехода доли или части доли в уставном капитале общества к обществу они должны быть по решению общего собрания участников общества распределены между всеми участниками общества пропорционально их долям в уставном капитале общества или предложены для приобретения всем либо некоторым участникам общества и (или), если это не запрещено уставом общества, третьим лицам.

Как следует из письма, общество не распределило между участниками долю выбывшего участника, а реализовало по договору купли-продажи долю выбывшего участника третьему лицу.

Согласно пп. 4 п. 3 ст. 39 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) не признается реализацией товаров, работ или услуг передача имущества, если такая передача носит инвестиционный характер (в частности, вклады в уставный (складочный) капитал хозяйственных обществ и товариществ, вклады по договору простого товарищества (договору о совместной деятельности), паевые взносы в паевые фонды кооперативов).

При этом реализация оплаченной доли общества, ранее выкупленной этим обществом, по мнению Департамента, не может рассматриваться в качестве операции по внесению имущества в уставный капитал этого общества.

В соответствии с п. 1 ст. 249 НК РФ в целях налогообложения прибыли доходом от реализации признаются выручка от реализации товаров (работ, услуг) как собственного производства, так и ранее приобретенных, выручка от реализации имущественных прав.

Согласно пп. 2.1 п. 1 ст. 268 НК РФ при реализации имущественных прав (долей, паев) налогоплательщик вправе уменьшить доходы на цену приобретения данных имущественных прав (долей, паев) и на сумму расходов, связанных с их приобретением и реализацией.

Как следует из п. 4 ст. 24 Закона N 14-ФЗ, продажа долей или частей долей, приобретенных обществом в соответствии с Законом N 14-ФЗ, в том числе долей вышедших из общества участников, осуществляется по цене не ниже цены, которая была уплачена обществом в связи с переходом к нему доли или части доли, если иная цена не определена решением общего собрания участников общества.

Таким образом, при реализации обществом доли, ранее выкупленной у своего участника, общество может уменьшить доходы от реализации данной доли, определяемые с учетом требований ст. 24 Закона N 14-ФЗ, на расходы, осуществленные на ее выкуп.