Проверка полноты исчисления и уплаты налогов в связи с совершением сделок между взаимозависимыми лицами проводится федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов (ст. 105.17 НК РФ).

Таким органом является Федеральная налоговая служба (ФНС России) (согласно Положению о Федеральной налоговой службе, утв. Постановлением Правительства РФ от 30.09.2004 N 506).
Проверка будет проводиться по месту нахождения органа налогового контроля (ФНС России): 127381, Москва, Неглинная ул., 23.

Налоговые проверки

Проверка соответствия цен, используемых налогоплательщиком по сделкам со взаимозависимыми лицами, рыночным ценам выделена в отдельный вид налоговых проверок, которая проводится по особым правилам.
Процедура проведения проверки и принятия налоговым органом решения по ее результатам в целом схожа с таковыми по выездной/камеральной налоговой проверке (одним из отличий являются увеличенные в два раза сроки на проведение проверки, представление истребуемых документов и представление возражений по акту проверки).

Взыскание доначисленных налогов

При проведении налоговой проверки в связи с совершением сделок между взаимозависимыми лицами налоговый орган вправе проверить полноту уплаты налога на прибыль, НДФЛ (в отношении индивидуальных предпринимателей, адвокатов, нотариусов), НДПИ и НДС (в случае, если одна из сторон сделки не является плательщиком НДС).
Следует отметить, что корректировка примененной цены для целей исчисления налоговой базы не может быть расценена как изменение юридической квалификации соответствующей сделки или статуса и характера деятельности налогоплательщика, в связи с чем не требуется соблюдение судебного порядка взыскания доначисленных налогов с организации
Взыскание налогов, доначисленных по результатам проверки в связи с совершением сделок между взаимозависимыми лицами, возможно во вне судебном порядке.
Новый Закон вводит положение о взыскании штрафа в размере 40% (но не менее 30000 руб.) с суммы доначисленного налоговым органом в результате контроля за трансфертным ценообразованием налога (ст. 129.3 НК РФ).
Законом N 227-ФЗ установлены переходные положения (ст. 4 п. 9):
— при доначислении за налоговые периоды 2012 — 2013 годов штраф не применяется;
— в 2014 — 2016 годах размер штрафа составляет 20%;
— начиная с 2017 года — 40%.
Закон не разъясняет, применяется ли штраф в случае, если уровень цены не отвечает рыночным показателям по объективным причинам, а не в результате манипулирования ценами.
Здесь нужно учитывать существующие разъяснения, которые Конституционный Суд РФ дал в Определении от 04.12.2003 N 441-О: предусмотренные статьей 40 Налогового кодекса РФ методы расчета цены являются условными методами расчета налоговой базы. Поэтому само по себе применение этих методов не означает наличие вины налогоплательщика. При этом, в соответствии с ст. 109 НК РФ, отсутствие вины налогоплательщика является обстоятельством, исключающим ответственность налогоплательщика. Таким образом, предполагаем, что для взыскания штрафа по ст. 129.3 НК РФ орган контроля должен будет доказать наличие умысла на уклонение от уплаты налогов в результате манипулирования ценами.
Необходимо отметить, в п. 1.2 Руководства ОСЭР подчеркивается, что регулирование трансфертного ценообразования носит скорее компенсационно-стимулирующий, а не карательный характер. Поэтому ОЭСР рекомендует вообще отказаться от взыскания штрафов, считая достаточным наказанием для налогоплательщика доначисление ему пени в результате проведенного контроля.
Также законом установлен штраф за непредставление уведомления о контролируемых сделках в размере 5000 рублей (ст. 129.4 НК РФ).
В разделе V.1 НК РФ наконец-то предусмотрена давно напрашивающаяся и применяющаяся во всех странах с развитым трансфертным ценообразованием норма о симметричной корректировке налоговых обязательств у обоих сторон сделки. Данное положение необходимо в целях избежания двойного налогообложения в целом по группе лиц.
Суть симметричной корректировки в том, что, если налоговыми органами будет установлено, что цена, используемая в контролируемой сделке, не соответствует рыночной и вынесено решение об увеличении налоговой базы в отношении одной из сторон этой сделки, другая сторона будет иметь право на уменьшение (корректировку) своей налоговой базы исходя из скорректированной (рыночной) цены (ст. 105.18 НК РФ). Такое правило будет применяться только в случае исполнения решения о доначислении суммы налога. Эти корректировки, вероятнее всего, будут разрешены лишь в отношении внутрироссийских сделок, поскольку законопроект не предусматривает какие-либо механизмы их применения по сделкам в области внешней торговли.
Кафтанников А.А. Трансфертное ценообразование: комментарий изменений Налогового кодекса РФ // СПС КонсультантПлюс. 2011.