Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения такого обособленного подразделения (п.2 ст.89 НК РФ).
При проведении общей выездной проверки организации решение о проведении проверки принимает орган по месту нахождения налогоплательщика (абз. 1 п. 2 ст. 89 НК РФ).
Проверка организаций с филиалами и представительствами может составить более 2 месяцев. Ироведение проверок организаций, имеющих в своем составе несколько обособленных подразделений, а именно:
четыре и более обособленных подразделений — до четырех месяцев;
менее четырех обособленных подразделений — до четырех месяцев, в случае если доля уплачиваемых налогов, приходящаяся на данные обособленные подразделения, составляет не менее 50 процентов от общей суммы налогов, уплачиваемых организацией, и (или) удельный вес имущества на балансе обособленных подразделений составляет не менее 50 процентов от общей стоимости имущества организации;
десять и более обособленных подразделений — до шести месяцев (Приказ ФНС России от 25.12.2006 N САЭ-3-06/892@).
Выводы из судебной практики:
1. Если ранее организация в целом проверялась, налоговые органы вправе назначить самостоятельную выездную налоговую проверку филиала (представительства), но только в отношении региональных (местных) налогов.
Если ранее проводилась самостоятельная налоговая проверка филиала (представительства), то налоговые органы вправе в течение одного периода провести выездную проверку организации в целом. Это прямо следует из содержания абзаца 3 пункта 5 статьи 89 НК РФ, где сказано, что при определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитываются проведенные самостоятельные выездные налоговые проверки его филиалов и представительств.
Исчерпывающий перечень федеральных налогов и сборов содержится в статье 13 НК РФ. К их числу отнесены: налог на добавленную стоимость, акцизы, налог на доходы физических лиц, единый социальный налог, налог на прибыль организаций, налог на добычу полезных ископаемых, водный налог, сборы за пользование объектами животного мира и за пользование объектами водных биологических ресурсов, государственная пошлина.
Соответственно, правом на проведение проверки филиала по вопросу правильности исчисления и уплаты этих федеральных налогов в рамках его самостоятельной выездной налоговой проверки налоговый орган не обладает (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 27.04.2009 по делу N А56-27517/2008).
В то же время существует арбитражная практика, в которой высказывается противоположная позиция: самостоятельная выездная проверка обособленных подразделений организации, которые не являются ни филиалами, ни представительствами, допустима (Постановления ФАС Северо-Кавказского округа от 11.08.2008 N Ф08-4572/2008, ФАС Северо-Западного округа от 10.08.2007 N А42-12847/2005).
Рекомендации Минфина и ФНС:
1. На основании п. п. 2 и 7 ст. 89 Кодекса налоговый орган вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов. Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения такого обособленного подразделения.
Кодексом не предусмотрено проведение налоговым органом самостоятельной выездной налоговой проверки обособленного подразделения, не являющегося филиалом или представительством организации, а также проведение указанной проверки филиалов или представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты федеральных налогов, в том числе предусмотренных специальными налоговыми режимами (Письмо Минфина РФ от 28.03.2011 N 03-02-08/32).
2. В случаях прекращения российской организацией деятельности через филиал или представительство (закрытия филиала или представительства) снятие с учета российской организации налоговым органом по месту нахождения этого филиала (представительства) осуществляется на основании сведений, содержащихся в ЕГРЮЛ, но не ранее окончания выездной налоговой проверки в случае ее проведения (п. 5 ст. 84 Кодекса) (Письмо Минфина России от 16.05.2013 N 03-02-07/1/17031).
Рекомендации налогоплательщикам:
- Налогоплательщик может оспорить решение ИФНС при проведении самостоятельной проверки филиала или представительства.