Изменение доли на вычет по НДФЛ не влияет. Доход от продажи квартиры, находившейся в общей долевой собственности физлица более трех лет, не облагается НДФЛ несмотря на то, что изменение размера доли произошло менее трех лет назад.
Данный вывод содержится в письме Минфина от 21 апреля 2011 г. N 03-04-05/7-282.
В соответствии с
пп. 1 п. 1 ст. 220Кодекса (в ред. Федерального закона от 07.07.2003 N 110-ФЗ) при определении размера налоговой базы налогоплательщик имел право на получение имущественного налогового вычета в суммах, полученных им в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир, находившихся в его собственности менее пяти лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб. При продаже, в частности, квартир, находившихся в собственности налогоплательщика пять лет и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.
Учитывая, что квартира находилась в собственности налогоплательщика (независимо от изменения размера долей в праве собственности на квартиру) более пяти лет, он вправе получить имущественный налоговый вычет в сумме, полученной им при продаже указанного имущества.