Упрощенная система налогообложения организациями и индивидуальными предпринимателями применяется наряду с иными режимами налогообложения.

Однако упрощенная система налогообложения не применяется со всеми режимами налогообложения.

УСН применяется	УСН не применяется
с ЕНВД	с общей системой налогообложения
	с ЕСХН

Данный вывод подтверждается и судебной практикой. Приведем примеры судебных решений:

1. Невозможность применения упрощенной системы налогообложения и общей системы налогообложения.

Согласно Постановлению ФАС Волго-Вятского округа от 21.07.2010 по делу N А43-28265/2009 упрощенная система налогообложения не применяется вместе с общей системой.

Суд руководствовался следующим. Указание в пункте 1 статьи 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации на то, что упрощенная система налогообложения применяется наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, не означает, что данный специальный режим может применяться налогоплательщиком одновременно с общей системой налогообложения, — эта система также распространяется на всю осуществляемую налогоплательщиком деятельность, а не на ее отдельные виды. Именно поэтому переход к упрощенной системе налогообложения и возврат к иным режимам налогообложения, несмотря на добровольный характер, осуществляются налогоплательщиком не произвольно, а в соответствии с установленными НК РФ ограничениями (ст.346.13).

В Постановлении ФАС Волго-Вятского округа от 02.12.2009 по делу N А29-11314/2008 суд также отметил, что в соответствии с пунктом 1 статьи 346.11 Налогового кодекса Российской Федерации упрощенная система налогообложения организациями и индивидуальными предпринимателями применяется наряду с общей системой налогообложения, предусмотренной законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

2. Невозможность совмещения УСН и единого сельскохозяйственного налога.

Согласно пп.13 п.3 ст. 346.12 НК РФ не вправе применять упрощенную систему налогообложения организации, переведенные на уплату единого сельскохозяйственного налога в соответствии с главой 26.1 НК РФ. Такую ссылку на законодательство дает суд в Постановлении ФАС Поволжского округа от 07.09.2010 по делу N А12-3038/2010.