В соответствии с подпунктами «д» и «е» пункта 1 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства Российской Федерации от 26 декабря 2011 г. N 1137 (далее — Правила), в строке 2б «ИНН/КПП продавца» счета-фактуры указываются идентификационный номер налогоплательщика и КПП налогоплательщика-продавца, а в строке 3 «Грузоотправитель и его адрес» — полное или сокращенное наименование грузоотправителя в соответствии с учредительными документами.

Согласно положениям статьи 143 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (далее — НДС) признаются организации, индивидуальные предприниматели, а также лица, признаваемые налогоплательщиками НДС в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза, определяемые в соответствии с таможенным законодательством Таможенного союза и законодательством Российской Федерации о таможенном деле. При этом обособленные подразделения организаций налогоплательщиками НДС не являются.

Учитывая изложенное, в случае если организация реализует свои товары через свое обособленное подразделение, то счета-фактуры по отгруженным товарам могут выписываться обособленными подразделениями только от имени организаций. При этом при заполнении счетов-фактур по товарам, реализованным организацией через свое обособленное подразделение, в строке 2б «ИНН/КПП продавца» счета-фактуры указывается КПП соответствующего обособленного подразделения, а в строке 3 «Грузоотправитель и его адрес» — наименование и почтовый адрес данного обособленного подразделения.

В соответствии с пунктом 2 статьи 1 Протокола о порядке взимания косвенных налогов и механизме контроля за их уплатой при экспорте и импорте товаров в Таможенном союзе от 11 декабря 2009 года для подтверждения обоснованности применения нулевой ставки НДС и (или) освобождения от уплаты акцизов налогоплательщиком-экспортером государства — члена Таможенного союза, с территории которого вывезены товары, в налоговый орган одновременно с налоговой декларацией представляется в том числе составленное импортером заявление о ввозе товаров и уплате косвенных налогов (далее — заявление) с отметкой налогового органа государства — члена Таможенного союза, на территорию которого импортированы товары.

Согласно пункту 2 Правил заполнения заявления, содержащихся в Приложении 2 к Протоколу об обмене информацией в электронном виде между налоговыми органами государств — членов Таможенного союза об уплаченных суммах косвенных налогов от 11 декабря 2009 года (далее — Протокол) при заполнении первого раздела заявления в строках «Продавец/Покупатель» налогоплательщиком Российской Федерации указывается ИНН/КПП.

Статьей 2 Протокола установлено, что налоговые органы государств — членов Таможенного союза обмениваются информацией о суммах косвенных налогов, уплаченных в бюджеты государств — членов Таможенного союза, налоговых льготах (об освобождении от налогообложения) в форме реестров заявлений в виде файлов.

В целях обеспечения получения российским налоговым органом по месту постановки на учет организации-экспортера вышеуказанной информации от налогового органа, в частности, Республики Казахстан необходимо обеспечить проставление в заявлении КПП данной российской организации, присвоенного налоговым органом по месту ее нахождения.

Таким образом, в целях осуществления вышеуказанного обмена информацией при составлении счетов-фактур по товарам, реализуемым на экспорт российской организацией через свое структурное подразделение в государства — члены Таможенного союза, допускается указание КПП головной организации — экспортера.