При обнаружении отсутствия каких-либо документов необходимо найти возможность их восстановления (для этого следует обратиться в обслуживающий вас банк, к контрагентам), если же восстановление документа не возможно, то согласно ст. 120 НК РФ отсутствие первичных документов, обосновывающих совершение какой-либо хозяйственной операции относится к грубым нарушениям правил учета доходов и расходов. Например, в определении ВАС РФ от 11.11.2008 N 14554/08 по делу N А41-К2-4491/07 суд доначислил налоги, штрафы и пени п. 1 ст. 122, по п. 3 ст. 120 НК РФ, так как суд исходил из того, что налоговым органом доказано получение заявителем необоснованной налоговой выгоды. В определении ВАС РФ от 08.08.2011 N ВАС-10065/11 по делу N А40-82958/10-90-415 суд также встал на сторону налогового органа, отказывая в удовлетворении заявления налогоплательщика, суд исходил из того, что налогоплательщик предъявил к вычету суммы НДС за пределами установленного ст. 173 НК РФ срока, документы, подтверждающие оплату подрядным организациям сумм НДС, отсутствуют.

Однако не нужно путать отсутствие документов с последующим предоставлением недостающих документов в срок, установленный законодательством. Такие случаи возможны, если компания утеряла документы, а впоследствии восстановила их. Например, в определении ВАС РФ от 29.11.2010 N ВАС-15779/10 по делу N А32-6359/10-59/50 суд, удовлетворяя заявление налогоплательщика, пришел к выводу о том, что налогоплательщик вправе был представить в налоговый орган недостающие документы (их копии) в подтверждение права на применение ставки 0 процентов в срок, предусмотренный ч. 9 ст. 167 НК РФ, основания для отказа в возмещении НДС у налогового органа отсутствовали.

В данном случае исключением являются случаи, если утрата документов произошла не по вине организации, т.е. по не зависящим от налогоплательщика обстоятельствам (технические аварии, пожары и т.п.) (ст. 111 НК РФ). Данные обстоятельства также должны подтверждаться в обязательном порядке (для выяснения причин создается комиссия с участием представителей уполномоченных органов (МЧС, коммунальные службы, отделения внутренних дел).

Компания может отстоять свою позицию в суде при непредставлении документов в налоговый орган в следующих случаях:

• если документы не представлены по обстоятельствам, не зависящим от воли компании (Постановление ФАС Центрального округа от 16.10.2002 № А48-1456/02-18)

• если налоговый орган не указал в своем решении, какие именно документы отсутствовали, и было ли допущено несвоевременное отражение финансовых операций (Постановление ФАС Северо-Западного округа от 25.02.2009 по делу № А56-11653/2008).