В определении ВАС РФ от 28.06.2010 N ВАС-4903/10 по делу N А40-51817/09-33-302 суд указал, что нарушения процедуры рассмотрения материалов налоговой проверки приводят к нарушению прав налогоплательщика и ведут к отмене неправомерного решения. Суд указал, что в пункте 5 статьи 100 НК РФ указано, что в ходе рассмотрения материалов налоговой проверки руководитель (заместитель руководителя) налогового органа:

1) устанавливает, совершало ли лицо, в отношении которого был составлен акт налоговой проверки, нарушение законодательства о налогах и сборах;

2) устанавливает, образуют ли выявленные нарушения состав налогового правонарушения;

3) устанавливает, имеются ли основания для привлечения лица к ответственности за совершение налогового правонарушения;

4) выявляет обстоятельства, исключающие вину лица в совершении налогового правонарушения, либо обстоятельства, смягчающие или отягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения.

Согласно пункту 14 статьи 101 НК РФ несоблюдение должностными лицами налоговых органов требований, установленных НК РФ, может являться основанием для отмены решения налогового органа вышестоящим налоговым органом или судом.