Если в счете-фактуре не указан номер таможенной декларации, то это не является ошибкой.

В случае если в графе 11 »Номер таможенной декларации» счета-фактуры указана неполная информация о номере таможенной декларации (отсутствует порядковый номер товара из графы 32 основного или добавочного листа таможенной декларации либо из списка товаров (если при декларировании вместо добавочных листов использовался список товаров)) и такой счет-фактура не препятствует налоговым органам при проведении налоговой проверки идентифицировать продавца, покупателя товаров, наименование товаров, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю, то такой счет-фактура не является основанием для отказа в принятии к вычету сумм налога.

В соответствии с абз. 2 п. 2 ст. 169 Кодекса ошибки в счетах-фактурах, не препятствующие налоговым органам при проведении налоговой проверки идентифицировать продавца, покупателя товаров (работ, услуг, имущественных прав), наименование товаров (работ, услуг, имущественных прав), их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю, не являются основанием для отказа в принятии к вычету сумм налога.

Данный вывод сделан в письме Минфина РФ от 18.02.2011 N 03-07-09/06.