Проверяемое лицо может дать свои объяснения на любой стадии рассмотрения материалов налоговой проверки. Такой вывод сделан в письме Минфина от 26.09.2011 N 03-02-07/1-342.

Руководитель (его заместитель) налогового органа, проводившего проверку, выносит решение о привлечении к ответственности за совершение налогового правонарушения либо об отказе в этом. Оно принимается, в частности, при рассмотрении материалов, полученных в результате проведения дополнительных мероприятий налогового контроля.
Лицо, в отношении которого осуществлялась налоговая проверка, вправе до вынесения указанного решения знакомиться со всеми материалами дела. Это касается и тех, которые получены в ходе дополнительных мероприятий.
НК РФ не устанавливает специальных сроков для подготовки проверяемым лицом возражений по результатам дополнительных мероприятий и их рассмотрения.
Право проверяемого лица на ознакомление с такими документами и подготовку возражений обеспечивается названным должностным лицом. Последнее определяет и срок, в течение которого налогоплательщик может ознакомиться с материалами по результатам дополнительных мероприятий. При этом учитываются фактические обстоятельства, в т. ч. количество материалов и их объем.
Даже если проверяемое лицо не представило письменные возражения, оно (его представитель) может дать свои объяснения на любой стадии рассмотрения материалов проверки.

www.garant.ru