Если работник головной организации направляется в служебную командировку в обособленное подразделение организации, то НДФЛ, удержанный с суммы выплачиваемого ему среднего заработка, перечисляется в бюджет по месту нахождения организации, а не ее обособленного подразделения.
Согласно п. п. 1 и 2 ст. 226 Кодекса российские организации, от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, за исключением доходов, в отношении которых исчисление и уплата налога осуществляются в соответствии со ст. ст. 214.1, 214.3, 214.4, 214.5, 227, 227.1 и 228 Кодекса, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму налога, исчисленную в соответствии со ст. 224 Кодекса. Указанные организации являются налоговыми агентами.
В соответствии с п. 7 ст. 226 Кодекса совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается в бюджет по месту учета налогового агента в налоговом органе. Налоговые агенты — российские организации, указанные в п. 1 ст. 226 Кодекса, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения. Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.
Учитывая, что работник организации, направляемый в служебную командировку в обособленное подразделение организации, не является работником такого обособленного подразделения, сумма налога на доходы физических лиц, удержанная с суммы выплачиваемого ему среднего заработка, должна быть перечислена в бюджет по месту нахождения организации.