Использование механизма зачёта налоговой переплаты зачастую приводит к начислению пеней. Даже при соблюдении сроков по проведению зачётов не гарантирует соблюдение сроков по уплате налогов.

В соответствие с п. 4 ст. 78 НК РФ, зачет суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика по налогам осуществляется на основании письменного заявления налогоплательщика по решению налогового органа.

Решение о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей налогоплательщика принимается налоговым органом в течение 10 дней со дня получения

заявления налогоплательщика или со дня подписания налоговым органом и этим налогоплательщиком акта совместной сверки уплаченных им налогов, если такая совместная сверка проводилась.

Получается, что до момента подачи налоговой декларации у компании нет возможности понять, какую сумму нужно погасить зачетом, чтобы указать ее в соответствующем заявлении. Поэтому такое заявление сложно подать заранее, чтобы с учетом 10 дней на принятие налоговиками решения

уложиться в срок уплаты погашаемого зачетом налога.

Минфин в своём письме от 02.09.11 № 03-02-07/1-315 ссылается на ст. 78 НК РФ, где предусмотрено право налогоплательщика представить в налоговый орган заявление о зачете суммы излишне уплаченного налога в счет предстоящих платежей. В этом заявлении налогоплательщик

вправе не указывать конкретную сумму предстоящего платежа, в счет которого он просит зачесть сумму излишне уплаченного налога. Размера платежа, в счёт которого следует произвести зачёт, станет известен налоговому органу в момент получения им декларации.