Поскольку денежные средства, полученные коммерческой организацией из бюджета субъекта Российской Федерации в рамках выполнения государственного контракта, не соответствуют перечню средств целевого финансирования, то данные средства учитываются при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения
Вывод следует из письма Минфина РФ от 24.03.2011 N 03-11-06/2/37.

При определении объекта налогообложения организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, согласно пп. 1 п. 1.1 ст. 346.15 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) не учитывают доходы, предусмотренные ст. 251 Кодекса, перечень таких доходов является исчерпывающим.

Согласно пп. 14 п. 1 ст. 251 Кодекса при определении налоговой базы не учитываются доходы в виде имущества, полученного налогоплательщиком в рамках целевого финансирования. При этом налогоплательщики, получившие средства целевого финансирования, обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках целевого финансирования. При отсутствии такого учета у налогоплательщика, получившего средства целевого финансирования, указанные средства рассматриваются как подлежащие налогообложению с даты их получения.

К средствам целевого финансирования относится имущество, полученное налогоплательщиком и использованное им по назначению, определенному организацией (физическим лицом) — источником целевого финансирования или федеральными законами, в частности, в виде субсидий бюджетным и автономным учреждениям.

В соответствии с п. 2 ст. 251 Кодекса при определении налоговой базы не учитываются целевые поступления (за исключением целевых поступлений в виде подакцизных товаров). К ним относятся целевые поступления на содержание некоммерческих организаций и ведение ими уставной деятельности, поступившие безвозмездно на основании решений органов государственной власти и органов местного самоуправления и решений органов управления государственных внебюджетных фондов, а также целевые поступления от других организаций и (или) физических лиц и использованные указанными получателями по назначению. При этом налогоплательщики — получатели указанных целевых поступлений обязаны вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (понесенных) в рамках целевых поступлений.

Кроме того, ст. 6 Бюджетного кодекса Российской Федерации (далее — БК РФ) определено, что получателями бюджетных средств являются орган государственной власти (государственный орган), орган управления государственным внебюджетным фондом, орган местного самоуправления, орган местной администрации, находящееся в ведении главного распорядителя (распорядителя) бюджетных средств казенное учреждение, имеющие право на принятие и (или) исполнение бюджетных обязательств от имени публично-правового образования за счет средств соответствующего бюджета, если иное не установлено БК РФ.