Для определения порядка налогообложения доходов кипрской компании необходимо применять положения Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Кипр об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы и капитал от 05.12.1998 (далее — Соглашение).

Согласно п. 1 ст. 6 Соглашения доходы, получаемые резидентом одного договаривающегося государства от недвижимого имущества, находящегося в другом договаривающемся государстве, могут облагаться налогом в этом другом государстве. При этом положения п. 1 ст. 6 Соглашения применяются к доходу, получаемому от прямого использования, сдачи в аренду или использования недвижимого имущества в любой другой форме (п. 3 ст. 6 Соглашения).

Таким образом, доходы иностранной компании — резидента Республики Кипр от сдачи в аренду имущества, находящегося на территории Российской Федерации, подлежат обложению налогом в России.

Особенности налогообложения доходов иностранных организаций налогом на прибыль в Российской Федерации регулируются ст. ст. 309 и 310 Кодекса в зависимости от того, осуществляют они свою деятельность через постоянное представительство в Российской Федерации или без образования постоянного представительства.

При получении доходов, указанных в п. 1 ст. 309 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) (в том числе доходов от сдачи в аренду имущества на территории Российской Федерации), иностранной организацией, не осуществляющей деятельность через постоянное представительство, такие доходы подлежат обложению налогом, удерживаемым у источника выплаты доходов налоговым агентом.

Если иностранная организация осуществляет деятельность через постоянное представительство, то налог с ее доходов, относящихся к такому постоянному представительству, исчисляется и уплачивается иностранной организацией самостоятельно на основании п. 1 ст. 307 Кодекса.

Что касается постановки на налоговый учет недвижимого имущества, расположенного на территории Российской Федерации, то в соответствии со ст. 83 Кодекса в целях проведения налогового контроля организации подлежат постановке на учет в налоговых органах по месту нахождения организации, месту нахождения ее обособленных подразделений, а также по месту нахождения принадлежащих им недвижимого имущества и транспортных средств и по иным основаниям, предусмотренным Кодексом

Согласно п. 4 ст. 85 Кодекса органы, осуществляющие кадастровый учет, ведение государственного кадастра недвижимости и государственную регистрацию прав на недвижимое имущество и сделок с ним, обязаны сообщать сведения о расположенном на подведомственной им территории недвижимом имуществе, зарегистрированном в этих органах (правах и сделках, зарегистрированных в этих органах), и об их владельцах в налоговые органы по месту своего нахождения в течение 10 дней со дня соответствующей регистрации, а также ежегодно до 1 марта представлять указанные сведения по состоянию на 1 января текущего года.

В соответствии с п. 14 Особенностей учета в налоговых органах иностранных организаций, не являющихся инвесторами по соглашению о разделе продукции или операторами соглашения, утвержденных Приказом Минфина России от 30.09.2010 N 117н, постановка на учет в налоговом органе иностранной организации по месту нахождения принадлежащего ей недвижимого имущества осуществляется на основании сведений, сообщенных органами, указанными в п. 4 ст. 85 Кодекса.

Датой постановки на учет иностранной организации в налоговом органе по месту нахождения принадлежащего ей недвижимого имущества является дата регистрации права собственности на недвижимое имущество, содержащаяся в сведениях, сообщенных органами, указанными в п. 4 ст. 85 Кодекса.