Часто налоговый орган отказывает в возмещении НДФЛ по векселю, указывая, что вексель не относится к документам, свидетельствующим о приобретении жилья. И практика судов, позиция Минфина тоже такая есть. Но есть и противоположное мнение.

Переданный в счет оплаты стоимости жилья вексель может признаваться в качестве расходов налогоплательщика только в том случае, если он был приобретен им в рамках гражданско-правовых отношений у третьего лица, поскольку выданный продавцу от своего имени вексель в счет оплаты стоимости жилья не может признаваться расходом, поскольку векселедатель в таком случае не передает продавцу жилья какое-либо имущество, а лишь принимает на себя обязательство в совершении платежа по векселю в будущем (Письмо ФНС России от 09.11.2015 N БС-3-11/4211@).

Но есть и противоположная практика:

Статья 220 Кодекса не содержит ограничений относительно формы, в которой могут осуществляться расходы на приобретение жилья.
Налогоплательщик вправе учесть расходы, произведенные как в денежной форме, так и в иных формах, в частности, путем передачи прав по векселю третьего лица.
В случае передачи налогоплательщиком в счет исполнения своих обязанностей по договору, направленному на приобретение в собственность (строительство) жилого дома или квартиры, векселя третьего лица при предоставлении имущественного налогового вычета необходимо учитывать, что величина расходов определяется исходя из установленной в договоре стоимости векселя и не может превышать предусмотренную договором стоимость жилья.
При этом следует учитывать, что согласно статье 142 Гражданского кодекса Российской Федерации вексель относится к ценным бумагам.
Таким образом, в случае передачи налогоплательщиком векселя в оплату стоимости приобретаемой квартиры у налогоплательщика возникает доход по операциям с ценными бумагами, порядок налогообложения которого установлен в соответствующих статьях главы 23 Кодекса.
В соответствии с пунктом 12 статьи 214.1 Кодекса финансовый результат (налоговая база) по операциям с ценными бумагами определяется как доходы от операций за вычетом соответствующих расходов.
Пунктом 7 статьи 214.1 Кодекса установлено, что доходами по операциям с ценными бумагами признаются доходы от реализации (погашения) ценных бумаг, полученные в налоговом периоде.
При реализации (передаче) векселя в счет оплаты стоимости приобретаемого жилья сумма полученного дохода определяется исходя из установленной в договоре стоимости жилья.
При этом в качестве расходов в соответствии с пунктом 10 статьи 214.1 Кодекса будут признаваться документально подтвержденные расходы, связанные с приобретением, реализацией и хранением векселя (Письмо Минфина России от 03.05.2017 N 03-04-07/27055).

Согласно пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса налогоплательщик имеет право на предоставление ему имущественного налогового вычета в сумме фактически понесенных расходов, в частности, на приобретение на территории Российской Федерации квартиры.
При этом налогоплательщик вправе учесть в расходах на приобретение жилья не только расходы, произведенные в денежной форме, но также и в иных формах, в частности, путем передачи прав по векселю.
В случае оплаты приобретения квартиры денежными средствами и векселем общая сумма расходов, учитываемых в пределах установленного размера имущественного налогового вычета, не может превышать стоимость квартиры, указанную в договоре.
При последующей продаже квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика менее трех лет, налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.
К таким расходам в случае их документального подтверждения относятся суммы денежных средств, уплаченных по договору купли-продажи квартиры, а также расходы по приобретению векселя третьего лица, переданного в счет оплаты части стоимости квартиры ((Письмо Минфина России от 29.03.2013 N 03-04-05/4-306).