При определении размера налоговой базы в соответствии с п. 3 ст. 210 НК РФ налогоплательщик имеет право на получение социальных налоговых вычетов.

Перечень расходов, по которым налогоплательщику могут быть представлены социальные налоговые вычеты, приведен в пп. 1 — 5 п. 1 ст. 219 НК РФ. Так, законодателем выделены следующие виды расходов:
1) на благотворительность и пожертвования;
2) на обучение в образовательных учреждениях;
3) на медицинские услуги, а также лекарственные препараты;
4) на уплату пенсионных взносов по договору (договорам) негосударственного пенсионного обеспечения и (или) добровольному пенсионному страхованию, а также добровольному страхованию жизни;
5) на уплату дополнительных страховых взносов на накопительную пенсию.
Соответственно, прохождение медицинской комиссии относится к вычетам на лечение.
Для возможности применения социальных вычетов должны соблюдаться следующие условия:
1) налогоплательщик должен иметь доход, облагаемый НДФЛ по ставке 13%.
2) медицинские услуги оказаны медицинскими организациями, индивидуальными предпринимателями, осуществляющими медицинскую деятельность, имеющими соответствующие лицензии на осуществление медицинской деятельности, выданные в соответствии с законодательством РФ;
3) медицинские услуги предоставлены отечественными медицинскими учреждениями.