В законодательстве содержится запрет на работу беременных на вахте.

К работам, выполняемым вахтовым методом, не могут привлекаться работники в возрасте до восемнадцати лет, беременные женщины и женщины, имеющие детей в возрасте до трех лет, а также лица, имеющие противопоказания к выполнению работ вахтовым методом в соответствии с медицинским заключением, выданным в порядке, установленном федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации (статья 298 ТК РФ).

Но при этом содержится запрет на увольнение беременной сотрудницы.

Беременной женщине на основании ее заявления и медицинского заключения должны быть снижены нормы выработки, обслуживания (ч. 1 ст. 254 ТК РФ). На период снижения норм за женщиной сохраняется средняя заработная плата.
В соответствии с общими положениями Гигиенических рекомендаций к рациональному трудоустройству беременных женщин (утв. Госкомсанэпиднадзором России от 21.12.1993, Минздравом России от 23.12.1993) беременным работницам устанавливается дифференцированная норма выработки со снижением в среднем до 40 процентов от постоянной нормы с сохранением среднего заработка по прежней работе.
Работодатель обязан перевести беременную работницу на другую работу после того, как женщина представит соответствующее медицинское заключение и заявление о переводе.
Согласно ч. 1 ст. 254 ТК РФ беременной женщине должны быть снижены нормы выработки или обслуживания либо ее необходимо перевести на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных производственных факторов. Основанием для этого является медицинское заключение и заявление женщины.
После представления работницей указанных документов заключается дополнительное соглашение об изменении условий трудового договора и издается приказ о временном переводе (форма N Т-5).
В случае отсутствия у работодателя подходящей работы работница должна быть освобождена от работы с момента предъявления медицинского заключения и заявления до предоставления беременной женщине работы, исключающей воздействие неблагоприятных производственных факторов.
Таким образом, беременная работница должна быть временно переведена на другую работу в соответствии с условиями, указанными в медицинском заключении.