Согласно письму ФНС России от 01.02.2016 N БС-4-11/1395@ крупнейшие налогоплательщики могут выбирать, куда платить НДФЛ

В соответствии с абзацем пятым пункта 2 статьи 230 Налогового кодекса Российской Федерации (в редакции Федерального закона № 113-ФЗ) налоговые агенты — организации, отнесенные к категории крупнейших налогоплательщиков, представляют документ, содержащий сведения о доходах физических лиц (далее — Справка 2-НДФЛ), и расчет сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом (далее — Расчет 6-НДФЛ), в том числе в отношении физических лиц, получивших доходы от обособленных подразделений указанных организаций, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению (отдельно по каждому обособленному подразделению).

Предоставленное налоговому агенту, отнесенному к категории крупнейших налогоплательщиков, право выбора порядка представления Справок 2-НДФЛ) и Расчетов 6-НДФЛ не предусматривает возможности одновременного представления таких документов в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика и в налоговый орган по месту учета организации по соответствующему обособленному подразделению вне зависимости от того, производятся ли указанные выплаты организацией или обособленным подразделением. То есть, организация должна по всем доходам, выплачиваемым работникам, как организацией, так и его обособленным подразделением, представлять Справки 2-НДФЛ и Расчет 6-НДФЛ либо в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейшего налогоплательщика, либо в налоговый орган по месту учета такого налогоплательщика по соответствующему обособленному подразделению.

Согласно пункту 7 статьи 226 Кодекса налоговые агенты — российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.