Транспортные расходы работника можно признать, если они документально подтверждены (Письмо Минфина России от 10.09.2015 N 03-03-07/52139)

Согласно пункту 1 статьи 252 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ) расходами признаются обоснованные и документально подтвержденные затраты (а в случаях, предусмотренных статьей 265 НК РФ, убытки), осуществленные (понесенные) налогоплательщиком.
Под обоснованными расходами понимаются экономически оправданные затраты, оценка которых выражена в денежной форме.
Под документально подтвержденными расходами понимаются затраты, подтвержденные документами, оформленными в соответствии с законодательством Российской Федерации, либо документами, оформленными в соответствии с обычаями делового оборота, применяемыми в иностранном государстве, на территории которого были произведены соответствующие расходы, и (или) документами, косвенно подтверждающими произведенные расходы (в том числе таможенной декларацией, приказом о командировке, проездными документами, отчетом о выполненной работе в соответствии с договором).
Расходами признаются любые затраты при условии, что они произведены для осуществления деятельности, направленной на получение дохода.
Согласно положениям статьи 164 Трудового кодекса Российской Федерации под компенсациями понимаются денежные выплаты, установленные в целях возмещения работникам затрат, связанных с исполнением ими трудовых или иных предусмотренных федеральным законом обязанностей.
Таким образом, работодатель обязан компенсировать транспортные расходы, связанные с выполнением должностных обязанностей работника, при условии, что они произведены с разрешения или ведома работодателя, а также если такие расходы отвечают критериям статьи 252 НК РФ.