Компания сама определяет, как регистрировать в журнале учета счета-фактуры, которые по каким-то причинам не были вовремя отражены в этом регистре. Главное при этом ориентироваться на хронологический порядок учета счетов-фактур и дату, когда они поступили от поставщика. Ведь такое требование установлено в пункте 10 Правил ведения журнала учета счетов-фактур, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26 декабря 2011 г. № 1137. Об этом напомнили чиновники из Минфина России в письме от 2 июля 2013 г. № 03-07-09/25177.

Поясним на примере. Допустим, поставщик предоставил компании счет-фактуру вовремя, однако менеджер сдал его в бухгалтерию уже в следующем квартале. Тем не менее принять входной НДС к вычету безопаснее в прошлом периоде. То есть когда вы учли приобретенные товары. Ведь налоговики считают, что заявлять вычет нужно именно в том квартале, в котором для этого выполнены необходимые условия. Например, об этом сказано в письме Минфина России от 15 января 2013 г. № 03-07-14/02.

В рассматриваемой ситуации надо составить дополнительный лист к книге покупок. Так предусмотрено Правилами, утвержденными постановлением Правительства РФ от 26 декабря 2011 г. № 1137. А вот как в этом случае поступать с журналом учета, в действующих правилах не сказано.

Поэтому вы можете прописать в учетной политике собственный порядок, в соответствии с которым будете регистрировать неучтенные счета-фактуры. Скажем, вы ведете журнал учета в электронном виде. Тогда можете просто добавлять запись в уже сформированный журнал учета за прошлый квартал, если ваша бухгалтерская программа позволяет это сделать (http://www.glavbukh.ru).