В Письмо ФНС России от 29.05.2012 N АС-4-2/8792 налоговый орган выделяет одну ситуацию: налогоплательщика могут проверить за период, превышающий 3 года, если он предоставил уточненную декларацию.

«В случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации в рамках соответствующей выездной налоговой проверки проверяется период, за который представлена уточненная налоговая декларация.».
В указанной связи налоговым органам при применении абзаца третьего пункта 4 статьи 89 Кодекса необходимо учитывать следующее:
1) норма является исключением из общего правила о периоде, который может быть охвачен выездной налоговой проверкой (три календарных года, непосредственно предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки), как это предусмотрено абзацем вторым пункта 4 статьи 89 Кодекса;
2) норма применяется в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации за период, превышающий три календарных года, предшествующих году, в котором представлена такая декларация;
3) норма предоставляет налоговому органу право провести выездную налоговую проверку за период, за который представлена уточненная налоговая декларация;
4) указанная выездная налоговая проверка может быть проведена, если соответствующий период не был ранее охвачен выездной налоговой проверкой;
5) момент представления уточненной налоговой декларации (во время проведения выездной налоговой проверки, до ее проведения, после проведения), для применения нормы значения не имеет.