Вопрос, когда налоговый орган может запросить дополнительные документы, не является праздным, поскольку четкий перечень случаев не определен законодательно.

http://www.v2b.ru/

Ситуации, при которых налоговики могут требовать дополнительные документы

Ситуация	Что вправе потребовать ИФНС
В декларации обнаружены ошибки	Пояснения или исправленную (уточненную) декларацию (п. 3 ст. 88 НК РФ)
Выявлено, что сведения, содержащиеся в декларации, противоречат сведениям из представленных вами документов
	Документы, подтверждающие достоверность сведений в декларации (п. 4 ст. 88 НК РФ, Постановление Президиума ВАС от 15.03.2012 № 14951/11)
Выявлено, что сведения, содержащиеся в декларации, не соответствуют сведениям из документов, имеющихся в ИФНС
Представлена убыточная декларация	Пояснения, обосновывающие размер убытка (п. 3 ст. 88 НК РФ)
Представлена уточненная декларация, в которой сумма налога к уплате меньше, чем в ранее представленной декларации за тот же период	Пояснения, обосновывающие уменьшение суммы налога (п. 3 ст. 88 НК РФ)
По истечении 2 лет с последнего дня срока подачи декларации представлена уточненная декларация, в которой по сравнению с ранее представленной декларацией увеличен убыток или уменьшена сумма налога, исчисленная к уплате. Например, уточненная декларация по НДС за I квартал 2013 года, в которой уменьшена сумма налога к уплате, представлена 23.04.2015 или позднее	Любые документы, подтверждающие обоснованность уменьшения суммы налога к уплате или увеличения убытка, в том числе (п. 8.3 ст. 88 НК РФ): — первичные документы; — регистры налогового учета
К декларации не приложены обязательные сопутствующие документы	Документы, которые должны прилагаться к декларации (п. 7 ст. 88 НК РФ). Например, документы, подтверждающие нулевую ставку НДС, указанные в ст. 165 НК РФ
В декларации заявлены налоговые льготы	Документы, подтверждающие право на эти льготы (п. 6 ст. 88 НК РФ). Например, документы, подтверждающие реализацию услуг, освобожденных от НДС по пп. 2 п. 2, пп. 29, 30 п. 3 ст. 149 НК РФ (п. 14 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.05.2014 № 33, письмо ФНС РФ от 27.11.2014 № ЕД-4-15/24607)
В декларации по НДС заявлена сумма налога к возмещению (заполнена строка 050 разд. 1 декларации)	Документы, подтверждающие правомерность вычетов по НДС (п. 8 ст. 88 НК РФ, письмо ФНС РФ от 10.08.2015 № СД-4-15/13914@). Например, счета-фактуры поставщиков, первичные документы на приобретение товаров (работ, услуг)
В декларации по НДС содержатся сведения об операциях, которые: — или противоречат другим сведениям из этой же декларации; — или не соответствуют сведениям об этих же операциях, содержащимся в декларации по НДС, представленной другим лицом, либо в журнале учета счетов-фактур, представленном лицом, которое обязано подавать в ИФНС такой журнал	Любые документы (в т.ч. счета-фактуры и первичные документы), относящиеся к операциям, в сведениях о которых выявлены противоречия или несоответствия (п. 8.1 ст. 88 НК РФ, письмо ФНС РФ от 10.08.2015 № СД-4-15/13914@)
Представлена декларация по НДПИ, водному или земельному налогу	Документы, являющиеся основанием для исчисления и уплаты этих налогов (п. 9 ст. 88 НК РФ)