Если компания хочет вернуть деньги, уплаченные по решению инспекции, то можно сразу обратиться в суд, заявив в иске требование о взыскании с налоговой инспекции излишне взысканного налога (Определение Верховного Суда РФ от 20.07.2016 № 304-КГ16-3143).

В том случае, когда налогоплательщик инициирует процедуру истребования излишне взысканного налога, суд также решает вопрос о законности ненормативного правового акта, но по ее результатам возможно обязание налогового органа возвратить налог, уже взысканный в излишней сумме на основании незаконного акта, без его признания недействительным.
По указанной причине в пункте 65 Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30.07.2013 N 57 «О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации» разъяснено, что при рассмотрении исков налогоплательщиков о возврате (возмещении) сумм налогов, пеней, штрафа, а также о признании не подлежащими исполнению инкассовых поручений или постановлений о взыскании налога за счет имущества налогоплательщика, вынесенных налоговыми органами в соответствии со статьями 46 или 47 Налогового кодекса, судам необходимо исходить из того, что положения Кодекса не содержат специальных требований об обязательной досудебной процедуре урегулирования таких споров. Поэтому указанные имущественные требования налогоплательщик может предъявить в суд независимо от оспаривания ненормативных правовых актов налоговых органов и по основаниям в том числе необоснованности начисления сумм налога, пеней, штрафа, уплатив государственную пошлину в соответствующем размере (подпункт 1 пункта 1 статьи 333.21 Налогового кодекса).
Аналогичная правовая позиция сформулирована Верховным Судом Российской Федерации в Постановлении Пленума Верховного Суда РФ от 12.05.2016 N 18 «О некоторых вопросах применения судами таможенного законодательства». Применительно к пункту 27 указанного Постановления при разрешении споров, связанных с возвратом налогов, судам следует исходить из того, что налоги считаются взысканными, если их перечисление в бюджет произведено в связи с принятием соответствующего решения налогового органа. Следовательно, добровольное перечисление налогов во исполнение решения налогового органа не является препятствием для последующего возврата таких платежей, как излишне взысканных.
Соответственно, поскольку общество оплатило суммы налогов, пени, штрафа на основании решения инспекции от 12.11.2013 N 158, оно могло ставить вопрос о возврате соответствующих сумм, как излишне взысканных (в пределах сроков, установленных в статье 79 НК РФ), а суд должен был исследовать вопрос законности указанного решения.
В силу пункта 1 статьи 80 НК РФ налоговая декларация представляет собой письменное заявление или заявление налогоплательщика, составленное в электронной форме и переданное по телекоммуникационным каналам связи с применением усиленной квалифицированной электронной подписи или через личный кабинет налогоплательщика, об объектах налогообложения, о полученных доходах и произведенных расходах, об источниках доходов, о налоговой базе, налоговых льготах, об исчисленной сумме налога и (или) о других данных, служащих основанием для исчисления и уплаты налога.
Поскольку общество истребовало у налогового органа именно те суммы налогов, которые были доначислены в решении инспекции от 12.11.2013 N 158, требование о представлении им уточненных налоговых деклараций, по существу, означает требование о повторном представлении тех же деклараций, которые были представлены ранее.
На основании изложенного, позиция судов об обязательном представлении налогоплательщиком уточненных налоговых деклараций, как об условии возврата всех налогов, излишне взысканных, по мнению налогоплательщика, по итогам выездной налоговой проверки, в условиях фактических обстоятельств рассматриваемой спорной ситуации не основана на законе.