При недостаче выдается корректировочный счет-фактура.

Корректировочные счета-фактуры выставляются продавцами товаров при наличии договора, соглашения, иного документа, подтверждающего согласие покупателя на изменение стоимости отгруженных товаров (выполненных работ, оказанных услуг, переданных имущественных прав), в том числе из-за изменения цены (тарифа) и (или) изменения их количества (объема).

Срок выставления — не позднее 5 календарных дней со дня составления договора, соглашения, иного первичного документа, подтверждающего согласие (факт уведомления) покупателя на изменение стоимости.

www.nalog.ru