Если по окончании года у работника образовалась переплата по НДФЛ, она считается излишне удержанной и подлежит возврату на основании заявления работника в порядке п. 1 ст. 231 НК РФ (Письмо Минфина России от 23.07.2012 N 03-04-06/8-207).

Установленные пп. 4 п. 1 ст. 218 Кодекса стандартные налоговые вычеты предоставляются налогоплательщику за каждый месяц налогового периода путем уменьшения в каждом месяце налогового периода налоговой базы на соответствующий установленный размер вычета.
Если в отдельные месяцы налогового периода у налогоплательщика не было дохода, облагаемого налогом на доходы физических лиц по ставке 13 процентов, стандартные налоговые вычеты предоставляются за каждый месяц налогового периода, включая те месяцы, в которых не было выплат дохода.
В соответствии с положениями п. 3 ст. 226 Кодекса организация — налоговый агент должна исчислять суммы налога нарастающим итогом с начала года применительно ко всем доходам, в отношении которых применяется налоговая ставка в размере 13 процентов, с учетом налоговых вычетов и с зачетом удержанной в предыдущие месяцы текущего года суммы налога.
Если по окончании года у работника образовалась переплата, то она является излишне удержанной налоговым агентом из дохода налогоплательщика суммой налога, которая подлежит возврату на основании заявления работника в порядке, установленном п. 1 ст. 231 Кодекса.