Пунктом 6 статьи 169 Налогового кодекса Российской Федерации установлено, что счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

Таким образом, подпись главного бухгалтера на счетах-фактурах, составленных на бумажном носителе, является обязательной.