В соответствии с пунктом 1 статьи 231 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма налога подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика (Письмо ФНС России от 18.07.2016 N БС-4-11/12881@)

Возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы налога производится налоговым агентом за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджетную систему Российской Федерации в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным налогоплательщикам, с доходов которых налоговый агент производит удержание такого налога.
Абзацем 3 пункта 1 статьи 231 Кодекса предусмотрено, что возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы налога производится налоговым агентом в течение трех месяцев со дня получения налоговым агентом соответствующего заявления налогоплательщика.
Уведомление налогового органа о произведенном возврате излишне удержанной суммы налога Кодексом не предусмотрено.
В случае если налоговый агент производит возврат суммы налога на доходы физических лиц, то Порядком заполнения раздела 1 «Обобщенные показатели» формы 6-НДФЛ предусмотрено, что общая сумма налога, возвращенная налоговым агентом налогоплательщикам в соответствии со статьей 231 Кодекса, нарастающим итогом с начала налогового периода отражается по строке 090.