Как отменить решение ФНС?

Апелляционная жалоба в УФНС обязательный, но не последний этап в ходе досудебнного решения проблем.
Отменить решение управления ФНС по субъекту, вынесенное по результатам обжалования решения по проверке, может и сама ФНС. Это предусмотрено статьей 140 НК РФ:
1.Жалоба рассматривается вышестоящим налоговым органом (вышестоящим должностным лицом).
2. По итогам рассмотрения жалобы на акт налогового органа вышестоящий налоговый орган (вышестоящее должностное лицо) вправе:
· оставить жалобу без удовлетворения;
· отменить акт налогового органа;
· отменить решение и прекратить производство по делу о налоговом правонарушении;
· изменить решение или вынести новое решение.
По итогам рассмотрения жалобы на действия или бездействие должностных лиц налоговых органов вышестоящий налоговый орган (вышестоящее должностное лицо) вправе вынести решение по существу.
По итогам рассмотрения апелляционной жалобы на решение вышестоящий налоговый орган вправе:
· оставить решение налогового органа без изменения, а жалобу — без удовлетворения;
· отменить или изменить решение налогового органа полностью или в части и принять по делу новое решение;
· отменить решение налогового органа и прекратить производство по делу.
3. Решение налогового органа (должностного лица) по жалобе принимается в течение одного месяца со дня ее получения.

Указанный срок может быть продлен руководителем (заместителем руководителя) налогового органа для получения документов (информации), необходимых для рассмотрения жалобы, у нижестоящих налоговых органов, но не более чем на 15 дней. О принятом решении в течение трех дней со дня его принятия сообщается в письменной форме лицу, подавшему жалобу.
ФНС России является вышестоящим органом по отношению к любому УФНС. Соответственно, вправе принимать решения вплоть до отмены решений УФНС. Это дает налогоплательщику возможность продолжить обжаловать решение налоговиков в досудебном порядке даже после отказа УФНС.