По разъяснениям Минфина России, в соответствии с пунктом 5 статьи 173 Кодекса в случае выставления налогоплательщиком, применяющим УСН, покупателю счета-фактуры с выделением суммы НДС вся сумма налога, указанная в счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет (письма Минфина России от 10 февраля 2006 г. N 03-11-04/2/33, от 23 марта 2007 г. N 03-07-11/68, от 5 октября 2007 г. N 03-11-05/238, от 16 мая 2011 г. N 03-07-11/126).
При этом в письмах Минфина России от 1 ноября 2007 г. N 03-11-04/2/269, от 11 января 2008 г. N 03-11-05/02, от 14 апреля 2008 г. N 03-11-02/46, от 13 марта 2008 г. N 03-11-04/2/51 содержится вывод о том, что главой 262 Кодекса уменьшение доходов, полученных налогоплательщиком, применяющим УСН, на сумму НДС, уплаченную в бюджет по счету-фактуре, выставленному покупателю товаров (работ, услуг), не предусмотрено. В связи с этим при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому при применении УСН, налогоплательщики, выставляющие покупателям товаров (работ, услуг) и имущественных прав счета-фактуры с выделением суммы НДС, должны учитывать доходы от реализации с учетом сумм НДС, полученных от покупателей.
Однако суды принимают противоположную позицию. Президиум Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации в постановлении от 1 сентября 2009 г. N 17472/08 указал, что в соответствии со статьей 41 Кодекса доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки, и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить. Сумма НДС, которая получена налогоплательщиком УСН от покупателя товаров (работ, услуг), не является экономической выгодой, поскольку налог подлежит перечислению в бюджет. Следовательно, она не должна учитываться в составе доходов при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН. Аналогичный вывод содержится в постановлениях Федерального арбитражного суда Северо-Кавказского округа от 14 августа 2009 г. N А32-18246/2008-46/245, Федерального арбитражного суда Уральского округа от 12 ноября 2007 г. N Ф09-9123/07-С3, Федерального арбитражного суда Поволжского округа от 17 августа 2006 г. N А65-6256/2006 и Федерального арбитражного суда Северо-Западного округа от 12 октября 2005 г. N А66-1094/2005 (Доклад Правительства Российской Федерации о результатах мониторинга правоприменения в Российской Федерации за 2011 год).