Затраты на оплату больничных совместителям ФСС имеет право не принимать к зачету на обязательное социальное страхование (пп. 3 п. 1 ст. 11 Закона № 165-ФЗ). Специально для работников, занятых больше чем в одной компании, прописан определенный алгоритм расчета пособий в статье 13 Федерального закона от 29 декабря 2006 года № 255-ФЗ «Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством». Кроме этого, Минюст России 6 апреля 2012 года зарегистрировал Приказ Минздравсоцразвития России от 24 января 2012 года № 31н, который внес изменения в Порядок выдачи листков нетрудоспособности, утвержденный приказом от 29 июня 2011 года № 624н.
Исходя из прочтения документа, можно составить три алгоритма расчета пособия совместителю. Рассмотрим каждый в отдельности.

Пример 1
Условия:
— совместитель на момент наступления нетрудоспособности работает у нескольких работодателей;
— в расчетном периоде совместитель был занят на тех же работах.
Расчет среднего заработка ведется отдельно в каждой из фирм, где трудится совместитель. Обратите внимание, для расчета пособия по каждому больничному учитывается заработок и страховой стаж только на месте предъявления листка нетрудоспособности.

Пример 2
Условия:
— совместитель на момент наступления нетрудоспособности работает у нескольких работодателей;
— в расчетном периоде совместитель был занят в других фирмах.
Приболевший на неделю Иванов И.И. в 2012 году трудится по основному месту работы в ООО «Алёнушка» и по совместительству в ООО «Иванушка», при этом в расчетном периоде числился в ЗАО «Богатырь» и ЗАО «Путь».
Иванову И.И. начислили:
– в ЗАО «Богатырь» в 2010 г. — 500 000 руб., в 2011 г. — 400 000 руб.;
– в ЗАО «Путь» в 2011 г. — 200 000 руб.
По выбору работника пособие назначается и выплачивается в ООО «Алёнушка».
Средний заработок за 2010 год в этой фирме составил 500 000 руб., но в справке от компании для расчета будет указана сумма 415 000 руб., которая, согласно п. 3.1 ст.14 Законов № 255-ФЗ и № 212-ФЗ, является предельной величиной базы для начисления страховых взносов в ФСС РФ на 2010 календарный год.
Средний заработок за 2011 год составил 600 000 руб. (400 000 + 200 000), но для расчета бухгалтер обязан взять сумму 463 000 руб., которая является предельной величиной базы для начисления страховых взносов в ФСС РФ на 2011 календарный год.
Итак, среднедневной заработок составит: (415 000 + 463 000) : 730 = 1202,74 руб., а сумма пособия будет равна: 1202,74 руб. * 5 = 6 013,70 руб.

Пример 3
Условия
— совместитель на момент наступления нетрудоспособности работает у нескольких работодателей;
— в расчетном периоде совместитель работал одновременно не только у тех же, но и у других работодателей.
Специалист Сидоров С.С., заболевший в 2012 году, получил два больничных листка: для основного места работы А, где он трудится с 1 июня 2010 года, и для организации Б, куда он устроился совместителем с 1 сентября 2011 года.
Для расчета среднего заработка каждая компания должна использовать доход Сидорова С.С. за расчетный период с 2010 по 2011 год, а именно: в фирме А начисления с 1 июня 2010 года по 31 декабря 2011 года делят на 730 дней, а в фирме Б в расчет войдут начисления с 1 сентября по 31 декабря 2011 года, которые тоже поделят на 730 (согласно п. 3.1 ст. 14 255-ФЗ) (buhgalteria.ru).