Если компании необходимо реконструировать часть здания, то она вправе разделить его на два самостоятельных объекта.

В этом случае налогоплательщик сможет в периоде реконструкции продолжать начислять амортизацию на действующую часть здания. Такие выгодные разъяснения для компаний выпустил Минфин России (письмо от 19.10.12 № 03-03-06/1/560).
Дело в том, что основные средства, находящиеся на реконструкции и модернизации свыше 12 месяцев исключаются из состава амортизируемого имущества (п. 3 ст. 256 НК РФ). Поэтому в ситуации, когда реконструкции подлежит только часть здания, компания может избежать налоговых потерь, разделив его на два инвентарных объекта. И продолжать начислять амортизацию по имуществу, которое используется в производственной деятельности. Такой позиции финансовое ведомство придерживалось и ранее (письмо от 02.11.07 № 03-03-06/1/765).
Однако, по мнению чиновников, амортизацию можно начислять, только если, компания обеспечила раздельный учет реконструируемой части объекта и части, которую продолжает эксплуатировать. В противном случае амортизация по объекту не начисляется до окончания реконструкции (http://www.nalogplan.ru).