В Постановлении ФАС Восточно-Сибирского округа от 06.07.2010 N А33-17022/2009 судом был сделан вывод о том, что проценты за несвоевременный возврат части возмещения НДС начисляются с двенадцатого рабочего дня после вынесения решения по результатам проверки.

В данном деле рассматривалась ситуация, при которой организация подала декларацию по НДС, в которой указала налог к возмещению, и заявление о возврате данной суммы на свой банковский счет Денежные средства были перечислены налогоплательщику. Однако компания посчитала, что инспекция нарушила сроки возврата налога (которые должны были исчисляться, согласно п.10 ст.176 НК РФ, начиная с двенадцатого дня после составления акта камеральной проверки), и потребовала уплатить проценты. Суд встал на сторону налогоплательщика. Аналогичные выводы содержатся в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 27.02.2009 N А56-15524/2008 (Определением ВАС РФ от 07.08.2009 N ВАС-6651/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ).